De su labor pedagógica podríamos destacar los cursos de perfeccionamiento que imparte anualmente en importantes universidades y conservatorios de Europa y EE.UU.

Manuel Granados es autor de varias obras de concierto originales así como pedagógicas para guitarra flamenca publicadas en España y en el extranjero. También es miembro del jurado de importantes concursos de guitarra clásica y flamenca.

En el año 95 se publicó el primer volumen del Manual Didáctico de la Guitarra Flamenca (Ventilador Edicions), acompañado de CD. Esta obra se ha planteado como un completo método de aprendizaje de las técnicas y estilos de la guitarra flamenca y se desarrolla en cinco volúmenes, el último de los cuales se dedicará a Obras de concierto.

Su enfoque didáctico se traduce en un desarrollo progresivo, estructurado en distintos niveles de destreza (5) que se corresponden con los distintos cursos de su programa en el Conservatorio. Con esta obra se pretende satisfacer la curiosidad por el flamenco de muchos guitarristas y es un resumen de su labor pedagógica hasta el momento.